99. Įgyvendinančioji institucija iki ministerijos nurodyto termino, kuris negali būti trumpesnis kaip 30 dienų, turi raštu pranešti vadovaujančiajai institucijai, kad Taisyklių 98.1 ir 98.2 papunkčiuose nustatyti reikalavimai yra įgyvendinti. Gavusi šią informaciją, vadovaujančioji institucija per 30 dienų patikrina, ar įgyvendinančioji institucija atitinka Taisyklių 98.1 ir 98.2 papunkčiuose nustatytus reikalavimus, ir apie tai raštu praneša įgyvendinančiajai institucijai ir ministerijai. Jeigu vadovaujančioji institucija nustato, kad įgyvendinančioji institucija neatitinka minėtų reikalavimų, apie tai raštu praneša įgyvendinančiajai institucijai ir ministerijai ir nurodo neatitikimų priežastis.