42. Keičiant NPP, netaikomas Metodikos 36 punktas. Keičiant NPP nuostatas, nesusijusias su strateginiais tikslais, taip pat netaikomas Metodikos 38 punktas, o keičiant nesusijusias su pažangos uždaviniais, poveikio rodikliais, horizontaliaisiais principais ir finansinėmis projekcijomis, taip pat netaikomi Metodikos 38 ir 39 punktai.